Ekstrakurikuler Atletik merupakan wadah apresiasi hobi dan bakat siswa untuk mendapatkanpola pembinaan atlet ditingkat pelajar yang bermuara kepada munculnya atlet berbakat ditingkat MIN 1 Kota Madiun. Manfaat kegiatan ekstrakurikuler atletik adalah untuk melatih dan mengembangkan potensi yang dimiliki oleh siswa. Biasanya dengan mengikuti ekstrakurikuler pilihan siswa berkesempatan untuk mengasah semua bakat dan potensi yang dimiliki sehingga bisa lebih terarah dan berkembang khususnya ekstrakurikuler atletik. Ekstrakurikuler ini didampingi oleh Bapak Afif Fathoni, S. Pd dan dilaksanakan pada hari selasa.
Kegiatan Ekstrakurikuler Atletik untuk tempat pelatihannya berada di dalam Stadion Willis Kota Madiun dan dilatih bersama tim PASI yang dimana latihanya dilaksanakan 1 minggu 2 kali yaitu hari selasa dan hari kamis, di mulai jam 16.00 sampai jam 17.15.
Berbagai macam bentuk latihan Ekstrakurikuler Atletik yang dilakukan selama pelatihan antara lain lari jarak pendek, lari jarak menengah, lompat jauh, tinggi, dan jangkit, lempar lembing, lempar cakram, dan tolak peluru.
Semoga dengan adanya Ekstrakurikuler Atletik di MIN 1 Kota Madiun menjadi wadah anak-anak dalam mengembangkan bakat, minat, dapat membentuk pribadi yang tangguh, berani dan mandiri.