Mushola MIN 1 Kota Madiun adalah sarana untuk beribadah. Selain itu mushola digunakan untuk tempat mengaji. Adanya mushola di sekolah sangat besar manfaatnya bagi semua orang di lingkungan sekolah terutama para siswa. Koordinator Mushola adalah Bapak Syamsuri.
Mushola Min 1 Kota Madiun menyediakan 2 tempat wudlu dengan 12 Kran air letaknya dibawah mushola, 1 ruang untuk Imam, 2 ruangan untuk makmum putra dan makmum putri. Setiap Hari Senin – Kamis siswa dan wali kelas sebagai pendamping melaksanakan sholat dhuha dan sholat dluhur bergantian sesuai jadwal. Sholat dhuha dilaksanakan pada jam ke 0. sedangkan sholat dluhur dilaksanakan berjamaah dan dipimpin oleh salah satu guru yang bertugas.
Mushola bermanfaat sebagai tempat pembinaan dan pendidikan agama bagi siswa.